The OpenNET Project / Index page

[ новости /+++ | форум | теги | ]

DeepMind открыл код AlphaFold 3, AI-системы моделирования структуры белков

12.11.2024 14:05

Компания Google DeepMind опубликовала исходные тексты системы машинного обучения AlphaFold 3, предназначенной для предсказания трёхмерной структуры белков и моделирования взаимодействия белков с другими типами молекул. За создание алгоритмов машинного обучения, реализованных во второй версии AlphaFold, в этом году присуждена Нобелевская премия по химии. Связанный с AlphaFold 3 инструментарий написан на Python и C++, и распространяется под лицензией CC BY-NC-SA 4.0. Натренированные модели предоставляются на основе пользовательского соглашения. Отдельно запущен сервер, позволяющий экспериментировать с AlphaFold 3 в online-режиме.

Модель, которая обучена на коллекции с описанием структур всех известных белков и аминокислотных последовательностей, решает проблему фолдинга белка и позволяет прогнозировать трёхмерную структуру новых белков с точностью, как минимум не уступающей лабораторному анализу, а при оценке взаимодействия белков с другими типами молекул значительно превосходящей существующие методы прогнозирования. Третья версия модели AlphaFold отличается задействованием новой архитектуры "Pairformer", развивающей идею архитектуры "трансформер".

В отличие от AlphaFold 2 новая версия не ограничивается белками, состоящими из одной полипептидной цепи, и может применяться для предсказания белковых комплексов с ДНК и РНК, а также моделирования модифицированных вариантов этих молекул. На вход AlphaFold передаётся список молекул, а на выходе формируется совместная 3D-структура, определяющая наиболее вероятное взаимодействие указанных молекул.

С практической стороны AlphaFold 3 может использоваться для разработки лекарств и методов лечения, а также создания новых белков. Например, при помощи AlphaFold спроектирован белок, способный прикрепляться к определённым раковым клеткам, что может использоваться в противораковой терапии нового поколения. AlphaFold также активно используется при изучении взаимодействия антител с белками для понимания иммунного ответа человека и создания новых антител.

  1. Главная ссылка к новости (https://www.nature.com/article...)
  2. OpenNews: Федеральный Суд США обязал предоставить исходные тексты ПО для анализа ДНК
  3. OpenNews: Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c данными о своей ДНК
  4. OpenNews: Рейтинг открытости генеративных AI-моделей
  5. OpenNews: Инициатива по отмене определения открытой AI-системы, как обесценивающего понятие Open Source
  6. OpenNews: Проект OpenAI открыл Transformer Debugger, отладчик для моделей машинного обучения
Лицензия: CC BY 3.0
Наводку на новость прислал Artem S. Tashkinov
Короткая ссылка: https://opennet.ru/62223-alphafold
Ключевые слова: alphafold, ai
При перепечатке указание ссылки на opennet.ru обязательно


Обсуждение (37) Ajax | 1 уровень | Линейный | +/- | Раскрыть всё | RSS
  • 1.1, Аноним (1), 14:12, 12/11/2024 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • +3 +/
    > CC BY-NC-SA 4.0. Натренированные модели предоставляются
    > на основе пользовательского соглашения.

    Проприетара однако....

     
     
  • 2.14, Аноним (-), 14:57, 12/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +4 +/
    Код открыт? - Открыт
    Смотреть можно? - Можно
    Распространение (Attribution)? - Да
    Изменение (ShareAlike)? - Тоже

    Чего тебе еще надобно @? (c)

     

  • 1.2, bOOster (ok), 14:22, 12/11/2024 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • –7 +/
    Народ будто с ума сошел. Такую пургу на основе лжеИИ пихает за "чистую монету". Основная проблема белков - не их генерирование а понимание последствий прикрепления к клеткам.
     
     
  • 2.4, Аноним (-), 14:34, 12/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +9 +/
    Та работа, которая была проделана за последние лет 5 просто грандиозна в разрезе тысячелетий существования человечества. И самое забавное, что когда нейросети научатся решать проблемы старения, излечения болезней, генной инженерии, луддисты и прочие свидетели традиционных ценностей, будут продолжать ныть о том, что это всё не нужно.
     
     
  • 3.5, bOOster (ok), 14:38, 12/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    > Та работа, которая была проделана за последние лет 5 просто грандиозна в
    > разрезе тысячелетий существования человечества. И самое забавное, что когда нейросети
    > научатся решать проблемы старения, излечения болезней, генной инженерии, луддисты и прочие
    > свидетели традиционных ценностей, будут продолжать ныть о том, что это всё
    > не нужно.

    Никакой работы по факту выполнено не было. Вся работа была сделана когда-то людьми. Система лжеИИ по факту не делает ничего кроме поиска, причем достаточно тупого. Зато инвесторы отвалили деньжат, а сейчас что-то начинают за результат спрашивать, а реального результата нет.

     
     
  • 4.8, Аноним (8), 14:43, 12/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +2 +/
    > Зато инвесторы отвалили деньжат

    Так вы ещё оказывается и эксперт по финансам)
    Боже, кого только на оупеннете не встретишь 😀

     
     
  • 5.10, bOOster (ok), 14:47, 12/11/2024 Скрыто ботом-модератором     [к модератору]
  • –1 +/
     
  • 5.54, Аноним (54), 19:26, 12/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    > интервью которое не так давно давал создатель системы "Kandinskiy"

    Ссылку, пожалуйста.

     
  • 4.76, Ахз (?), 12:00, 13/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    А ныть про тупой поиск и ненужна конечно же продуктивнее. Или вы один из инвесторов ?
     
  • 3.19, Аноним (19), 15:02, 12/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    > научатся решать проблемы

    от кого научатся? кто их натренирует? как можно вообще натренировать решать проблемы?

     
  • 3.24, Аноним (24), 15:25, 12/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • –1 +/
    А в чем по вашему проблемы старения?
     
  • 3.30, Аноним (-), 15:49, 12/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    А нельзя ли конкретнее, с перечислением конкретных достижений а не очередного ха... большой текст свёрнут, показать
     
     
  • 4.41, Аноним (-), 17:14, 12/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    А когда у тебя dev random умел генерить картинки Хм отличная идея Думаю хуж... большой текст свёрнут, показать
     
     
  • 5.79, Аноним (-), 12:15, 13/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    Неумение в абстрактное мышление - атрибут неразвитых существ Но если что я могу... большой текст свёрнут, показать
     
     
  • 6.85, Аноним (-), 18:06, 13/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    В таком случае у нас большой кусок населения - это толпа неразвитых существ П... большой текст свёрнут, показать
     
  • 4.77, Ахз (?), 12:05, 13/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    На всю простыню не буду отвечать. Но вот представьте, что управление в если транспортными средствами передано ИИ.
    Все маневра согласованы, между всеми участниками движения, никаких шашечников, бухих и просто озлобленных. Зачем мне знать ПДД, чтобы переместить свое туловище из пункта А в пункт Б ?
    Для себя сейчас эту проблему решаю заказом такси - сел и доехал, занимаясь в пути своими делами. Но в этом случае вопрос моей безопасности зависит не только от моего конкретного водителя, а и от всех "естественных интеллектом" на дороге.
     
     
  • 5.80, Аноним (80), 12:24, 13/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • –1 +/
    Учитывая, что обучение, даже теоретически невозможно на 100%, возникает вопрос.

    Кого посадят в случае ДТП со смертельным исходном из-за недообученности ИИ?

    А учитывая, что ИИ сейчас - черный ящик, возникает еще один вопрос.

    Даже в коде программы могут закладки. Так вот если кто-либо сделает в обучении закладку, а потом использует ее для убивания неугодных, как это выявить?

    Так что за рулем не должно быть никаких ИИ. Только жесткие алгоритмы, предусматривающие жесткую верификацию, валидацию и тестирование.

    Да и то как показывает практика с боингом, могут быть эксцессы.

     
     
  • 6.83, Аноним (-), 17:12, 13/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    Хм я не слышал чтобы хотя бы одного инструктора во вождению за то, что не науч... большой текст свёрнут, показать
     
     
  • 7.86, Аноним (86), 21:02, 13/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    > Хм.. я не слышал чтобы хотя бы одного инструктора во вождению за то, что не научил хорошо.

    Посадят того кто был за рулем?

    Кого посадят в случае с ИИ?

    > А что мешает это сделать прямо сейчас без ИИ?

    Ну, хотя бы то, что роботы машинами не рулят.

    И да без ИИ можно проверить алгоритм. С ИИ - нет.

    > Если они написаны на каком-то СИ - то никакая верификация, кроме формальной не даст гарантий.

    Зато и никто не даст гарантий, что никто не найдет закладку.

    В случае с ИИ такую гарантию можно дать.

    > А практика тойоты показывает что мжно просто написать овнокод и убить почти 100 человек.

    И потом его поправить.

    В случае с ИИ - это будет не исправление, а новая генерация. В которой будут свои ошибки и закладки.

     
  • 5.81, Аноним (-), 12:35, 13/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    Если Пока в нвидию вбухан триллион долларов - но сравнимой с этим триллионом от... большой текст свёрнут, показать
     
     
  • 6.84, Аноним (-), 17:41, 13/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    Ты же понимаешь что им не нужно 822 б 822 е 822 ж 822 а 822 т 822 ь 822... большой текст свёрнут, показать
     
  • 3.44, Медбрат (?), 17:59, 12/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    Нет, мы будем ныть, что всё это нам недоступно. Потому что так и будет. Ибо за пределами гнутого манямирочка начинается мир большой и реальный. И вот он таки весьма хреновый и недружественный.
     
     
  • 4.46, Аноним (-), 18:05, 12/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    > Нет, мы будем ныть, что всё это нам недоступно. Потому что так и будет.

    Погоди, разве Могучее Сообщество (которое написало все важные программы) не осилит нейронку для каких-то там белок или белков?

    > Ибо за пределами гнутого манямирочка начинается мир большой и реальный. И вот он таки весьма хреновый и недружественный.

    Хм.. как по мне гораздо более дружественный чем "попрдолься с консолькой и почитай на форумах УМВР"


     
  • 3.68, Вы забыли заполнить поле Name (?), 00:28, 13/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • –2 +/
    > И самое забавное, что когда нейросети научатся решать проблемы старения, излечения болезней, генной инженерии, луддисты и прочие свидетели традиционных ценностей, будут продолжать ныть о том, что это всё не нужно.

    Это дешевый трюк говорить про будущее. Вот когда научатся, тогда и будешь писать в таком тоне.

     
  • 2.61, Аноним (61), 20:13, 12/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    О, химики в треде?

    Можно я привнесу ещё одного? Derek Lowe немало писал о месте этих вычислительных технологиях в разработке лекарств, у него под это тэг выделен In Silico. Когда нобелевка альфафолду упала, он выдал пост с кучей самоссылок на предыдущие свои посты по теме, что может быть очень удобно тем, кто не в теме, но хочет ознакомиться.

    Вот ссыль: https://www.science.org/content/blog-post/2024-chemistry-nobel-computational-p

    Хотя, мне кажется, Derek Lowe будет первым химиком в треде, потому что предыдущий претендент больше смахивает на заурядного AI-хейтера, чем на химика.

    (BTW, если кто не читал у Derek'а Lowe "Things I don't work with", это про вещи типа FOOF, то я очень рекомендую: https://www.science.org/topic/blog-category/things-i-wont-work-with)

     
  • 2.65, Аноним (65), 23:10, 12/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +1 +/
    Рассчитать последствия прикрепления к клеткам без информаци о третичной структуре белка очень проблематично. Рассчёт же третичной структуры белка до недавнего времени был вычислетельно неосуществим. Да он и сейчас неосуществим, если ab initio, без негаратнированных эвристик вроде нейросетей. Просто нейросетевая эвристика работает лучше всего, что было раньше.
     

  • 1.6, черный ветер (?), 14:39, 12/11/2024 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • –1 +/
    теоретически можно это использовать для разработки био-оружия?
     
     
  • 2.17, Аноним (-), 14:59, 12/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +1 +/
    Теоретически любой комп можно использовать для разработки оружия.
    Будем запрещать?
     
     
  • 3.31, Аноним (31), 16:01, 12/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +1 +/
    > Теоретически любой комп можно использовать для разработки оружия.

    При помощи палки, камня и лианы уже можно было сделать молоток - и даже огреть кого-то им по башке при наличии таких намерений.

     
  • 3.66, Аноним (65), 23:14, 12/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    Теоретически айфон образца 2006 года был мощнее самых мощных вычислительных машин, использованных в разработке ядерного и термоядерного оружия. То есть на айфоне можно было всё это смоделировать гораздо лучше, чем на  компах сверхдержав. Однако тут такая вещь ... ни экспертных знаний по математике и физике, ни натурных испытаний Comsol Multiphysics не заменит.
     
  • 2.20, Аноним (19), 15:04, 12/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    > теоретически

    давно уже

     
  • 2.69, Вы забыли заполнить поле Name (?), 00:31, 13/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    > теоретически можно это использовать для разработки био-оружия?

    Наука она двойного назначения. Просто вспомни зачем нужны были первые вычислители. А на z3 Цузи считали аэродинамику для военных.

     

  • 1.9, Швондик (?), 14:46, 12/11/2024 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • –1 +/
    ну хоть одно лекарство изобрели на основе AlphaFold 3 ?
     
     
     
    Часть нити удалена модератором

  • 3.33, Аноним (33), 16:09, 12/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +1 +/
    Что значит изобрели Чтобы понять какая молекула хорошо взаимодействует с опреде... большой текст свёрнут, показать
     
     
  • 4.75, Аноним (86), 08:09, 13/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • –1 +/
    В переводе на русский:

    АИ:
    "Я тут какую-то бредятину нагенерила, посмотрите, пожалуйста, вдруг вас на умные мысли натолкнет."

    И да - это единственный вариант нормального использования AI.

    Причем как только будут нормальные алгоритмы расчетов моделей атомов, так сразу же по данному направлению AI нужен не будет.

    Ибо зачем гадать на кофейной гуще, если можно рассчитать?

     
  • 2.55, Аноним (55), 19:29, 12/11/2024 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • –1 +/
    В новости четко сказано - Нобелевская премия по химии. Больше ничего не требуется.
     

  • 1.16, Аноним (16), 14:58, 12/11/2024 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • +/
    Вообще конечно, нужно больше инвестировать в R&D:
    https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_companies_by_research_and_development_sp
     
  • 1.40, mos87 (ok), 17:08, 12/11/2024 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • +2 +/
    надожы реально нужное применение ML
     

     Добавить комментарий
    Имя:
    E-Mail:
    Текст:



    Партнёры:
    PostgresPro
    Inferno Solutions
    Hosting by Hoster.ru
    Хостинг:

    Закладки на сайте
    Проследить за страницей
    Created 1996-2024 by Maxim Chirkov
    Добавить, Поддержать, Вебмастеру