Объявлено о доступности первого выпуска инструментария Flatpak (бывший xdg-app), который признан пригодным для широкого внедрения. Flatpak предлагает систему для сборки самодостаточных пакетов для графических приложений, которые не привязаны к конкретным дистрибутивам Linux и выполняются в специальном контейнере, изолирующем приложение от остальной системы. Для уменьшения размера пакета, он включает лишь специфичные для приложения зависимости, а базовые системные и графические библиотеки (Gtk+, Qt, библиотеки GNOME и KDE и т.п.) оформлены в виде подключаемых типовых runtime-окружений. В настоящее время поддержка выполнения Flatpak-пакетов обеспечена для Arch Linux, Fedora, Debian, Mageia и Ubuntu. Пакеты с Flatpak включены в штатный репозиторий Fedora 23 и 24.

Разработчикам приложений Flatpak даёт возможность упростить распространение своих программ, не входящих в штатные репозитории дистрибутивов, за счет подготовки одного универсального контейнера без формирования отдельных сборок для каждого дистрибутива. Для пользователей, заботящихся о безопасности, Flatpak позволяет выполнить вызывающее сомнение приложение в контейнере, предоставив доступ только к сетевым функциям и файлам пользователя, связанным с приложением. Для пользователей, интересующихся новинками, Flatpak позволяет установить самые свежие тестовые и стабильные выпуски приложений, без необходимости внесения изменений в систему. Например, в настоящее время Flatpak-пакеты уже собираются для LibreOffice, ночных сборок Darktable, MyPaint, Inkscape, GIMP и различные приложений GNOME.

Изолированное окружение формируется из типового системного окружения (runtime), устанавливаемого через специальный репозиторий, и дополнительных зависимостей (bundle), связанных с приложением. В сумме runtime и bundle образуют начинку контейнера, при том, что runtime устанавливается отдельно и привязывается сразу к нескольким контейнерам, что позволяет обойтись без дублирования общих для контейнеров системных файлов. В одной системе может быть установлено несколько разных runtime (GNOME, KDE) или несколько версий одного runtime (GNOME 3.18, GNOME 3.20), в зависимости от требований используемых программ. Контейнер с приложением в качестве зависимости использует привязку только к определённому runtime, без учета отдельных пакетов, из которых состоит runtime. Все недостающие элементы упаковываются непосредственно вместе с приложением. При формировании контейнера содержимое runtime монтируется как раздел /usr, а bundle монтируется в директорию /app.

Начинка runtime и контейнеров приложений формируется с использованием технологии OSTree, при которой образ атомарно обновляется из Git-подобного хранилища, позволяющего применять методы версионного контроля к компонентам дистрибутива (например, можно быстро откатить систему к прошлому состоянию). RPM-пакеты транслируются в репозиторий OSTree при помощи специальной прослойки rpm-ostree. Отдельная установка и обновление пакетов внутри рабочего окружения не поддерживается, система обновляется не на уровне отдельных компонентов, а целиком, атомарно меняя своё состояние. Предоставляются средства для инкрементального применения обновлений, избавляющие от необходимости полной замены образа при каждом обновлении.

Формируемое изолированное окружение полностью независимо от используемого дистрибутива, не имеет доступа к файлам и процессам пользователя или основной системы, не может напрямую обращаться к оборудованию, за исключением вывода через DRI, и сетевой подсистеме. Вывод графики и организация ввода реализована при помощи протокола Wayland или через проброс сокета X11 (могут возникнуть проблемы с безопасностью). Взаимодействия со внешней средой построено на основе системы обмена сообщениями DBus. Для изоляции используется прослойка Bubblewrap и традиционные для Linux технологии контейнерной виртуализации, основанные на использовании cgroups, пространств имён (namespaces), Seccomp и SELinux. Для вывода звука применяется PulseAudio.