В статье "Securing FreeBSD" даются весьма неплохие рекомендации по увеличению безопасности FreeBSD.

Ниже приведу кратко самое полезное:

# Настраиваем фаервол.
man ipfw
man ipf

# Проверяем чтобы не было лишних активных сетевых сервисов.
sockstat -4 

# Если запускается XWindow, запрещаем бинд к 6000 порту.
В /usr/X11R6/bin/startx: serverargs="-nolisten tcp" 

# Если используется sendmail, запрещаем бинд к 587 порту (submission).
В /etc/mail/sendmail.cf: #O DaemonPortOptions=Port=587, Name=MSA, M=E 


# Если sendmail не нужен
В /etc/rc.conf:  sendmail_enable="NO" (бинд на localhost) или sendmail_enable="NONE" 

# Правим/etc/rc.conf
nfs_server_enable="NO"
nfs_client_enable="NO"
portmap_enable="NO"
tcp_drop_synfin="YES" # Ядро собираем с "options TCP_DROP_SYNFIN"
icmp_drop_redirect="YES"        
icmp_log_redirect="YES"
log_in_vain="YES" # (Не советую)
accounting_enable="YES"
clear_tmp_enable="YES" # Чистка /tmp при загрузке
syslogd_enable="YES" 
syslogd_flags="-ss" # Запрещаем syslog'у принимать сообщения из сети.

# Комментируем все лишнее из /etc/inetd.conf

# Включаем Blowfish шифрование паролей вместо DES и MD5
В /etc/login.conf:  ":passwd_format=blf:"
cap_mkdb /etc/login.conf 

# Огранищиваем доступ пользователей к системе:
В /etc/login.access:
-:wheel:ALL EXCEPT LOCAL 
-:ALL EXCEPT user1 user2:ttyv0 ttyv1 ttyv2 ttyv3 ttyv4
-:ALL EXCEPT mygroup:ttyv0 ttyv1 ttyv2 ttyv3 ttyv4 ttyv5