Включаем  DNSOverTLS в настройках systemd-resolved.
/etc/systemd/resolved.conf

   [Resolve]
   DNS=1.1.1.1 9.9.9.9
   DNSOverTLS=yes
   DNSSEC=yes
   FallbackDNS=8.8.8.8 1.0.0.1 8.8.4.4

Переводим NetworkManager на использование systemd-resolved, которому будут
передаваться параметры DNS, полученные через DHCP для переопределения настроек /etc/systemd/resolved.conf.
Создаём файл /etc/NetworkManager/conf.d/10-dns-systemd-resolved.conf и записываем в него

   [main]
   dns=systemd-resolved

Если необходимо всегда использовать список DNS-серверов, заданных в
/etc/systemd/resolved.conf, вместо  dns=systemd-resolved нужно указать "dns=none".

Запускаем необходимые сервисы:

   sudo systemctl start systemd-resolved
   sudo systemctl enable systemd-resolved
   sudo systemctl restart NetworkManager

По умолчанию systemd-resolved отключён, но его планируют активировать в Fedora 33.

Проверяем, что всё работает нормально. 

В /etc/resolv.conf должен быть указан 127.0.0.53

   $ resolvectl status

   MulticastDNS setting: yes                 
     DNSOverTLS setting: yes                 
         DNSSEC setting: yes                 
       DNSSEC supported: yes                 
     Current DNS Server: 1.1.1.1             
            DNS Servers: 1.1.1.1             
                         9.9.9.9             
   Fallback DNS Servers: 8.8.8.8             
                         1.0.0.1             
                         8.8.4.4

   $ sudo ss -lntp | grep '\(State\|:53 \)'

   State     Recv-Q    Send-Q       Local Address:Port        Peer   Address:Port    Process                                                                         
   LISTEN    0         4096         127.0.0.53%lo:53               0.0.0.0:*        users:(("systemd-resolve",pid=10410,fd=18))


   $ resolvectl query example.com
   fedoraproject.org: 93.184.216.34                 -- link: wlp58s0