Что резервировать

Вы хотите резервировать в максимально возможной степени. Главное исключение: программа, которая может быть легко повторно установлена, но даже они могут иметь файлы конфигурации, которые важно резервировать, чтобы Вы не должны делать всю работу, по конфигурированию их снова и снова. Другая главная исключительная ситуация файловая система /proc; так как она только содержит данные, которые ядро всегда генерирует автоматически, ее никогда не нужно резервировать, а уж тем более пытаться восстановить.

Сомнительные области включают каталоги новостей, журналы и много других вещей в /var. Вы должны решить, что Вы считаете достаточно важным.

Очевидно, что надо резервировать файлы пользователей (каталог /home) и файлы конфигурации системы (каталог /etc, но, возможно, еще и другие файлы, рассеянные по всей файловой системе.