Flatpak критиковали за прожерливость диска, вот решение. И мне нравятся контейнеры, когда приложение не "размазывается" по всей системе и можно ограничить доступ, к сети, каталогам, дискам и тд.
Тот же Steam по этим соображениям лучше ставить в контейнер, чтобы игры не шарились где непоподя. У меня 2 стима, один из пакетов, второй во flatpak, там устанавливаю все подряд, ибо встроенные зловреды в игры вполне реальная вещь.