Сокращая цепочки секьюрность не страдает от слова совсем т.к. данные передаются в зашифрованном виде. Страдает анонимность.
А была ли анонимность если сами разрабы говорят, что редко допустимы прямые соединения? Можно было бы утверждать, что наоборот повышает анонимность если бы в i2p сидел весь инет т.к. проще прятаться в толпе, но там сидит максимум 50000 со слов разрабов i2pd, а по данным моего floodfill'а максимум было ~7300.

На данный момент это похоже на honeypot.