>> Дело в следующем, посетил мой сервер человек, я так понимаю называемый себя
>> хакером, по порту 445 (который как не странно закрыт в iptables,
>> как это сделано тоже загадка), и в расшаренных папках убрал все
>> содержимое, оставив файл с email, куда написать.
>   Да чел наверное не через самбу зашел, а через что-то
> другое

Вот именно, а скорее всего даже была завирусована машина в локалке, которая имела доступ к этой шаре на запись, вот шифровальщик все и зашифровал. Ждите звонка от пользователя с криками, мама, я все потерял(а), с меня требуют 100500 баксов