Нашел только это - https://lists.samba.org/archive/samba/2013-August/174961.html
Там говорится что в роли контроллера домена читаются только значения UID и GID, для полной поддержки предлагается использовать sssd или nss-ldapd.
Нашел только такое решение - добавить строку template shell = /bin/bash в smb.conf и сейчас у всех по умолчанию используется bash.