> 1. Скажите пожалуйста как чистить корзину Samba? Ничего не полетит, если вручную
> удалить всё содержимое?

Ничего
>[оверквотинг удален]
> #cat recycle.conf
> vfs objects = recycle
> recycle:repository =.recycle
> recycle:keeptree = Yes
> recycle:versions = Yes
> recycle:exclude = *.tmp *.temp *.o *.obj ~$* *.~?? *.log *.trace
> recycle:maxsize = 1073741824
> recylce:excludedir = tmp temp cache
> recycle:noversions = *.doc *.xls *.ppt
> #

Файлы размером больше recycle:maxsize в корзину не помещаются. На размер всей корзины ограничения нет, можно recycle:repository вынести на отдельный раздел.
> 3. Правильно я понимаю, что восстанавливать из корзины вручную - перенося файлы
> на оригинальное место?

Да. В дополнение к vfs_recycle советую посмотреть на vfs_shadow_copy2