> Имеется система suse: ldap, postfix, samba, squid с рутовым паролем системы.
> Сменил пароль rootdn, отредактировав его через vim
> :r !slappasswd
> После перезапуска, пользователи не могут подключиться - контроллер домена недоступен.
> Однако через ldapadmin  с новым паролем подключение происходит, вся структура видна.
> В чем может быть дело?

Ну чаще всего проблема в разных конфигах ldap - конфиг может быть в cn=config, a может slapd.conf.  проверяйте коннекшен по сети, не локально.