http://support.microsoft.com/kb/199288

вот тут описаны корни проблемы. можно следовать рекомендациям майкрософта, можно поднять 2 демона самбы с разными бинд адресами и именами хоста (если винс сервер один для разных подсетей). ну или отучить в конфиге самбу вообще на wins ходить за разрешением имен.
можно проверить, не происходит ли динамическое обновление днс записи хоста при получении адреса по дхцп.