> И так вот схема
> http://s2.hostingkartinok.com/uploads/images/2012/07/0d8b08b...
> Суть такова-
> есть две сети соединенные между собой туннелем, на концах туннеля маршрутизаторы на
> fedora core, на обоих концах открыты порты.
> -A INPUT -i eth0 -p tcp -m tcp --dport 443:445 -j ACCEPT
> -A INPUT -i eth0 -p tcp -m tcp --dport 135:139 -j ACCEPT

INPUT - это то, что идет непосредственно к хосту-маршрутизатору

вам надо:

смотреть правила в FORWARD
смотреть в прохождение пакетов на интерфейсах с использованием tcpdump