> Где копать?

Прошу прощение за беспокойство, сам разобрался. Естественно самба ищет пользователей и пароль в системе через nss_ldap. Соответственно там и указывается где искать

nss_base_passwd ou=users,dc=xxx,dc=ru?one
заменил на
nss_base_passwd ou=users,dc=xxx,dc=ru?sub

теперь юзеров можно распихивать в любые подюниты users. При большом их количестве это очень удобно.