Патчи накладываются с помощь программы patch.Сейчас уже немного плохо помню - вроде алгоритм такой:
cd /usr/src/sys/dev/drm/
patch < /path/to/patch
Все пропатчилось, пересобираем ядро и модули (перед этим смотрим на вышеописанные файлики - должны измениться).
По поводу включения патча в FreeBSD 6.1 - его не включили в STABLE. И в CURRENT тоже.
Если сейчас накатиться до FreeBSD 7.0-CURRENT, то там аппаратное ускорение сразу работает без всяких бубнов и пересборки. И работает по другому - определяются обе головки видеокарты (а с этим патчем - только одна).
Поэтому этот патч - временное решение для ветки 6.x - пока разработчики не решат, что реализация в 7.0 достаточно стабильна, и не переведут его в 6-ю ветку.
PS: Могу в чем то быть неточным, т.к. узнавал про это несколько месяцев назад :)