По тому адресу лежат пакеты в старом формате. Новые можно увидеть на http://pkg.freebsd.org/ .Я уже давненько перевел все свои системы (head/amd64) на pkg. Все что надо в бинарных пакетах как правило есть. Бывают отдельные прецеденты когда чего-то нет в пакетах из-за проблем с собираемостью отдельных портов, но вроде не часто.
Интересно конечно чего там наворотили в 1.3, еще не пробовал. А то до сих пор обновляюсь через вынести все/поставить все -- при нормальном интернете занимает минут 15 и все сразу работает без разборок с изменившимися зависимостями и т.п.