> после установки размещаться в отдельной директории, внутри домашней директории пользователяПоле для вирусов изначально присуще только "быстрой и грязной ОС", которая на один смонтированный ресурс, полностью доступный пользователю, валит и систему, и приложения, и пользовательские данные, а потому НИКОГДА не будет безопасной. Костыли семерки и восьмерки от проблем не спасают - все, что хочет, без проблем пишет свою муру в системные каталоги и правит реестр.
Здесь же применяется весьма здравый подход. Скопировал в каталог /home/user и юзай от души. Кстати, подход уже применяется. Если не ошибаюсь, пример - Eclipse.