Согласен во второй части, но и сама идея плоха.1) Прямая дорога к превращению системы в запускалку для проприетари из очередного "магазина". Собственно, совершенно ясно, что оно для того и сделано.
2) Очевидно же, что авторы всех этих сборок в большинстве своём будут игнорировать вновь найденные баги/уязвимости в тех библиотеках, которые они в эти сборки напаковали. Соответственно, ломаться всё это будет. И то, что это будет в рамках одной песочницы - только иллюзия безопасности, см. андроид и то,как пользователи охотно разрешают приложениям делать что угодно.
3) замена системных API (в частности, доступа к файловой системе) на специфические гномовские - тоже плохо. Софт, в идеале, должен работать где угодно, просто получая дополнительные плюшки, если запущен в "родном" DE.
4) то, что в системечасть софта не видна системному пакетному менеджеру - тоже плохо, допустим, чтобы развернуть аналогичную систему на новой машине уже нужны дополнительные шевеления.
А основное, что плохо - плохо приучать пользователя пользоваться недоверенным софтом. Это должно быть крайним случаем, обвешанным соответствующими неудобствами и предпреждениями, и для неспциалиста должнобыть примерно тем же, что заппуск неизвестно откуда скачанного исполняемого файла.