Затем, что это сообщения об ошибках (почти). Из man rpm:rpm {-V|--verify} [опции-выбора] [опции-проверки]
Операция проверки пакета сравнивает информацию о файлах установленных из пакета с информацией о них из метаданных пакета, хранимых в базе данных rpm. Среди прочего при проверке сравниваются размер, MD5 сумма, права доступа тип, владельца и группу каждого файла. Любые расхождения будут отображены. Файлы, которые не были установлены вместе с пакетом, например, файлы документации, исключенные при помощи опции "--excludedocs", будут проигнорированы без предупреждения.
Понятно, что не всякое такое сообщение -- ошибка. Понятно, что некоторые файлы, установленные rpm, могут в дальнейшем меняться. Файлы конфигурации, например. Но таких должно быть немного, единицы-десятки, и они должны постепенно накапливаться в процессе эксплуатации системы. А когда их тысячи в свежеустановленной системе -- это ненормально. В таких условиях использовать "rpm -Va" для слежения за состоянием системы невозможно.