Что для меня в Perl не нравится:1) Документирование и документация.
phpdoc на голову лучше pod - а скорее даже на две или на три. Описать аргументы функций стандартными средствами на perl невозможно, получить удобную документацию в стандартном виде тоже нельзя. Поддержки документирования в IDE я не встречал.
2) Запуск на сервере. mod_perl слишком сложен, mod_perl и fast_cgi нераспространён на хостингах. Отладку приходится делать в режиме CGI, чтобы не перегружать сервер.
3) Современные протоколы, такие как SOAP, поддерживаются в зачаточном состоянии. На практике использовать perl для написания soap12 сервиса не получилось.
4) Разностильность кодирования. Код какого-нибудь энтузиаста поддерживать невозможно.
5) Нет поддержки со стороны производителей софта. Например, WSO2 поддерживает всё кроме perl. Кстати, хороший пример сравнения perl и php - странички документации http://wso2.org/project/wsf/php/2.0.0/docs/index.html и http://search.cpan.org/~chintana/WSO2-WSF-Perl-1.1/ . Такое отношение к перлу типично.
6) Отсутствие перспектив развития. Perl6 показал, что развиваться perl5 не будет.