>согласен только с /usr/X11R6
>/opt удобен для программ не из репозитария со своими инсталлерами
>/usr/local очень правильная мысля для отделения прог, собранных из исходников /usr/X11R6 конечно рудимент, но множеству старых программ этот каталог требуется, поэтому символическую ссылку на него держать думаю стоит.
Вообще согласен, что главная проблема - это большая сложность организации совместного использования программ различных версий. Огромное количество зависимостей тоже проблема при обновлениях и т. д. Поэтому как сделано в PC-BSD иногда бывает удобно.
Но с другой стороны, администрировать и поддерживать в актуальном состоянии удобнее именно существующую иерархию. Вспоминаю M$ Windows, когда находят баг в библиотеке работающей с BMP рисунками, ты ставишь заплатку на системную библиотеку. И вроде всё хорошо и все счастливы, но ведь каждый пионер, наровит засунуть в дистрибутив своей программы копию этой библиотеки и использовать именно её. Поэтому в *BSD/Linux мне такого не надо, по крайней мере как стандарт.