Полностью согласен. Я бы даже сказал, что приличному ВУЗу вообще следует уметь свой дистрибутив делать, и не обязательно Linux. Но пафос "единости" отнюдь не в запрете на всё остальное, а в гарантии, что хоть что-нибудь не придётся делать своими руками - например, в школе, где из системных администраторов одна только учительница математики. Что эти "прикладные учебные программы и 1С" будут гарантированно работать хотя бы на чём-нибудь одном. Можно и на нескольких. Но хотя бы на одном.
Дело в гарантии. Это, по сути, противоположность "свободе выбора", лишать которой - преступление. Только сам этот выбор возможен далеко не всегда.