При чем тут магазин, я его чисто к слову упомянул. Я про то, что Microsoft не пыталась создать унифицированную систему распространения ПО для Windows и следить за качеством того, что в эту систему попало. Сообщество же Linux такие системы создало и внедрило. Вот что прямо сейчас пришло в голову: наверное, потому что эти системы используются для распространения компонентов дистрибутива, т.е. это окошко "Установка компонентов Windows", с допиленным списком софта, не входящего собственно в ОС, но который можно скачать и установить вот прямо не отходя от кассы.
Тогда, конечно, понятнее — DOS и Windows изначально распространялись не по сети, полным пакетом, и приложения к ним тоже, поэтому такой проблемы перед Microsoft просто не было, а перед разработчиками Linux она была почти с самого начала.
Впрочем, я не совсем вижу противоположность репозитория и магазина. Магазин позволяет централизовано распространять пакеты ПО, поддерживает список доступных пакетов, позволяет администраторам проверять соответствие ПО их стандартам перед добавлением в магазин, вести биллинг пользователей за установку ПО из магазина. Репозитории ничего этого не делают?