> xmllint --xpath '/zonelist/domain[@name="domain02.net"]/record[@type="A" and @ttl="600"]'
> xml-config.xml

Это работает.

> P.S. так а чем sed не устраивает?

Хотелась бы найти утилиту-фреймворк, чтоб не только читать XML, а и без проблем писать(изменять) значения. Тот же xmlstarlet не понимает несколько значений (record):

# xml ed -u '//domain[@name="domain01.com"]/record[@type="A" and @value="123.255.255.123"]' -v 0 xml-config.xml
...
    <record type="A" value="123.255.255.123" ttl="600">0</record>
...

> grep subdomain01 xml-config.xml | sed 's/\([0-9]\{1,3\}\.\)\{3\}[0-9]\{1,3\}/1.1.1.1/'

sed -n '/<domain name="domain01.com"/,/<\/domain/p' xml-config.xml | sed '/domain="subdomain01"/s/\([0-9]\{1,3\}\.\)\{3\}[0-9]\{1,3\}/1.1.1.1/'

А вот тут нюанс, если поддомен subdomain01 будет у нескольких доменов, то получу несколько (чужих) IP.
Поэтому, надо через xmllint  сузить область обработки до нужного домена, а потом изменять через sed...
Еще когда поддомен будет не subdomain01, а 2.2.2.2 (общий вид 2.2.2.2.domain01.com), тогда sed сделает замену только один раз и не в том месте...