> Несовместимости на бинарном уровне у пакетов вообще нет: да, патчи разные накладываются на библиотеки, но из-за этого еще ни разу одна библиотека в двух дистрибутивах по-разному себя не вела (допустим libicu.so.8)

Счастливый вы человек раз не сталкивались с такими проблемами :).

То, что попадает в библиотеку, кроме патчей, зависит еще и от того, как эта библиотека собиралась, с какими флагами итд. То есть, например, если какая-та программа была собрана вместе с библиотекой libX.so.0.0.0, которая была пропатчина (или настроена) на то, чтобы включить поддержку фич и функций A() и B(), и захочется ее запустить на другом дистрибутиве, где тоже есть libX.so.0.0.0, но собранная без этих фич, то все (гуглим по "unresolved symbols" для иллюстрации).

Причем даже для одной и той-же библиотеки похожие проблемы могут встречаться, особенно когда меняется ABI либо API. Особенно когда это происходит - а major версия библиотеки не меняется.

В общем, если бы все было бы так просто, то проблем бы не было. На практике все не так легко.