По своему опыту использования rdiff-backup, от которого в итоге пришлось отказаться, хочу предостеречь, что если он бэкапит директорию, где в это время удалился файл, то процесс аварийно завершается с жалобой "файл пропал". Было это 2 года назад, так что может в новых версиях ошибки нет.Также обращаю внимание (в статье на этом акцент не сделан), что файлы типа MySQL-дампов надо заливать именно как текст, а не архив, иначе инкрементального бэкапа не получится, т.к. дифф нового файла от старого будет равняться всему новому файлу :)
А вообще SVN рулит - инструментарий работы с данными несравнимо шире, есть репликация репозиториев, GUI-клиенты (простой - RapidSVN, онлайновый - http://www.viewvc.org). Репозиторий кстати сжатый (формат delta3).